Poruchy funkcie tráviaceho systému, označované ako gastrointestinálna (GI) dysfunkcia, patria medzi najčastejšie pridružené poruchy pri PAS. Zistili sa u viac ako polovice slovenských detí s PAS, zahraničné štúdie uvádzajú až 70 percentný výskyt.

Tráviace ťažkosti bývajú rôzneho charakteru, najbežnejším problémom je chronická zápcha (stolica menej ako raz za 3 dni), objemné stolice, vyprázdňovanie môže sprevádzať bolesť a plač. Deti niekedy vedome zadržiavajú stolicu, len aby sa vyhli bolesti. Iné deti zasa trápia časté hnačky, nafukovanie a bolesti bruška. Vyskytnúť sa môže gastroezofageálny reflux, ktorého príznakom býva opakujúce sa vracanie. Niekedy je však reflux  bez typických príznakov, dieťaťu však spôsobuje bolesti, ktoré sa prejavia zhoršeným správaním.

Príčiny častejšieho výskytu gastrointestinálnej dysfunkcie pri PAS sú iba čiastočne objasnené, predpokladá sa, že ide o spolupôsobenie viacerých faktorov. Nové výskumy poukazujú na významný vplyv črevnej mikrobioty. Tvorí ju viac ako 1000 rôznych mikroorganizmov, ktoré prirodzene prežívajú v tráviacom systéme a priaznivo ovplyvňujú funkciu ľudského tela. U ľudí s PAS sa zistili odlišnosti v zložení črevnej mikrobioty (dysbióza). Zmenené je zastúpenie jednotlivých baktérií, vo väčšom počte sú prítomné choroboplodné mikroorganizmy, čo narúša riadnu funkciu tráviaceho systému. Na vzniku tráviacich problémov sa môže podieľať mierny, no chronicky prebiehajúci zápal nízkeho stupňa v tráviacom trakte. Medzi príčiny tráviacich ťažkostí patria aj zvláštnosti v stravovacích návykoch detí s autizmom, potravinové intolerancie a alergie.

U detí s PAS, ktoré mali tráviace problémy, sa zistili výraznejšie formy autistických prejavov – repetitívneho správania, či narušenej sociálnej komunikácie. Preukázal sa i častejší výskyt problémového správania, napríklad sebapoškodzovania, agresivity alebo úzkosti, než u detí s PAS, ktoré GI ťažkosti nemali. Túto súvislosť vysvetľuje tzv. „os črevo – mozog“, spojenie medzi črevom a mozgom prostredníctvom nervových signálov, alebo látok prenášaných krvou. Odlišná mikrobiota, zápalový proces a zvýšená priepustnosť čriev zapríčiňujú prenos abnormálnych signálov do mozgu, nepriaznivo ovplyvňujú jeho funkciu a podieľajú sa na vzniku behaviorálnych prejavov autizmu.

Prejavy tráviacich ťažkostí nemusia mať u detí s PAS zvyčajný charakter. Môžu sa prejaviť objavením sa alebo vystupňovaním problémového správania, ktoré nemá zjavný súvis s nejakým vyvolávajúcim podnetom.

V rámci komplexnej starostlivosti by mal dieťa s PAS vyšetriť odborný lekár –  gastroenterológ, ktorý v prípade potreby odporučí vhodnú terapiu. Liečba závisí od nálezu a typu poruchy. V prípade niektorých porúch je možnosť ovplyvnenia črevnej mikrobioty pomocou probiotík. Štúdie naznačujú priaznivý vplyv podávania probiotík nielen na tráviace funkcie, ako aj na správanie detí s PAS. Zatiaľ však nie je známe, ktoré probiotiká prinášajú pri PAS najväčší benefit.

Súčasťou liečby býva aj úprava výživy. Pri zápche sa odporúča zaraďovať do výživy dieťaťa potraviny bohaté na vlákninu (ovocie, zelenina, strukoviny, celozrnné pečivo), naopak, riedkej stolici a nafukovaní je vhodná nedráždivá strava bez zvyškov (jadierka, šupky). Pri potravinových alergiách a intoleranciách sa zo stavy vylučujú potraviny, na ktoré je dieťa alergické alebo ktoré vyvolávajú neznášanlivosť. Vzhľadom na stravovacie zvláštnosti môže byť prechod na diétu a dodržiavanie diétnych zásad problematické.