Doktorandské štúdium je tretím stupňom vysokoškolského vzdelávania. Na LF UK je akreditovaných 19 študijných programov v študijných odboroch. Prof. MUDr. Daniela Ostatníková, PhD. je odborným garantom študijného programu Lekárske neurovedy.
Štandardná dĺžka štúdia je 4 roky v dennej forme štúdia, 5 rokov v externej forme štúdia (plus nadštandardná dĺžka štúdia 2 roky). Organizácia doktorandského štúdia je založená na kreditovom systéme.