V porovnaní s neurotypickými jedincami sa u osôb s PAS sa zistil celý rad odlišností. Ide o rozmanité poruchy: zníženú imunitu a oslabenú obranyschopnosť, na druhej strane, u dieťaťa sa môže prejaviť prehnaná imunitnú odpoveď. V krvi osôb s PAS sa preukázali zmeny vo funkcií bielych krviniek, ktoré sa podieľajú na obranyschopnosti, ako aj odlišnosti v hladinách látok súvisiacich s imunitou – protilátok, či cytokínov. Zistil sa častejší výskyt protilátok proti vlastným bunkám a tkanivám a zaznamenané je zvýšené riziko vzniku chorôb, na ktorých sa podieľa autoimunita, akými sú diabetes mellitus 1. typu, psoriáza alebo Crohnova choroba. Nezriedka sa tieto choroby prejavia až v dospelosti.
Osoby s PAS častejšie trpia na alergie, najmä alergickú nádchu alebo potravinové alergie, prítomná môže byť astma alebo atopický ekzém. Príznaky alergie ako dýchacie problémy, či svrbenie môžu dieťaťu spôsobiť ťažkosti so spánkom, ich dôsledkom potom býva nepozornosť, podráždenosť alebo hyperaktivita. Taktiež sa môžu mať za následok zhoršenie jadrových príznakov PAS.
U niektorých detí s PAS sa zistila zvýšená zápalová aktivita. Zápal môže postihovať tráviaci systém, nepriaznivo ovplyvňovať črevnú mikrobiotu a podieľať sa na vzniku tráviacich ťažkostí. Existujú štúdie, ktoré preukázali zvýšenú zápalovú aktivitu aj v mozgu detí s PAS, čo sa považuje za jeden z možných mechanizmov spolupôsobiacich pri vzniku PAS.
Pri podozrení na poruchu imunity by malo byť dieťa sledované u imuno – alergológa. Liečbou sa môžu príznaky alergií alebo iných porúch imunity zmierniť, čo môže viesť k úprave správania dieťaťa, ako aj kvality spánku.