Misiou Akademického centra pre výskum autizmu je integrovať diagnostické, terapeutické, výskumné a edukačné aktivity zamerané na poruchy autistického spektra do spolupracujúcej siete odborných pracovísk, ktoré budú uplatňovať štandardné diagnostické a terapeutické protokoly podľa medicíny založenej na dôkazoch.